Sergey Bagapş 4 Mart 1949 tarihinde Sohum’da doğdu. Yaşamının büyük kısmı Abhazya’da geçti. Gençliğinde Gürcistan basketbol takımının bir üyesiydi. Sohum’da Gürcistan Astropikal Tarım Devlet Üniversitesinden mezun oldu. Eğitimi sırasındaki ilk işi bir şarap kooperatifinde ve daha sonra devlet bankasında güvenlik görevlisi olarak çalışmaktı. Daha sonra Sovhoz tarım işletmelerinde askerlik görevi yerine burada yöneticilik yaptı. Bu sırada Abhazya bölgesel komitesi parçası olan Komsomol’da eğitmen olarak yer aldı. 1978’de Konsomol’un merkez gücünden sorumlu oldu ve 1980’de Abhazya Bölgesel Komitesi’nin ilk sekreteri oldu. 1980’de Komünist parti’nin Oçamçıra rayonu sekreteri oldu. Ülkede komünizm’in yıkılmasının ardından işadamı ve Abhazya Hükümeti’nin temsilcisi olarak Moskova’da çalışmaya başladı.

Bagapş, 29 Nisan 1997’de seçimler sonucu Abhazya Cumhuriyeti başbakanı oldu. Görevi sırasında Gürcü-Abhaz gerginliği en önemli sorundu. Bu sorun 1998’de üst seviyeye çıktı ve Abhazya-Gürcistan sınırına askerler konuşlandırıldı. Çıkan çatışmalar Abhazya Savaşı (1998) olarak bilinir.

12 Şubat 2005 tarihinde yapılan seçimlerle Sergey Bagapş Abhazya Cumhuriyeti Devlet Başkanı olarak seçildi. Sergey Bagapş Devlet Başkanlığı görevini yürütürken 26 Ağustos 2008 tarihinde Rusya Federasyonu tarafından Abhazya Cumhuriyeti’nin bağımsızlığını tanıdı.

29 Mayıs 2011 tarihinde Moskova’da bir hastanede akciğer rahatsızlığı nedeniyle hayatını kaybetti.